پدربزرگ پاتریک از یک ماشین زمان برای یافتن راه بازگشت به خانه استفاده می‌کند اما در این میان در ابعاد و زمان‌های مختلف ظاهر می‌شود و ...

باب اسفنجی و پاتریک به یک مأموریت برای نجات گری، که توسط پوزئیدون «دزدیده» شده‌است، می‌روند و آنها به شهر گمشده آتلانتیس سفر می‌کنند. این فیلم همچنین برای اولین بار منشأ دیدار باب اسفنجی با گری را فاش می‌کند.

در بیکینی باتم دردسر بزرگی درست شده است. فردی تاج شاه نپتون را دزدیده و به نظر می‌رسد آقای خرچنگ، رئیس باب اسفنجی، مقصر این کار است. باب اسفنجی با وجود اینکه به تازگی فرصت ارتقای شغلی رویایی‌اش را از دست داده، پشت رئیسش می‌ایستد و همراه با بهترین دوستش پاتریک، راهی ماموریتی خطرناک به سمت شل سی می‌شود تا تاج را پس بگیرد و جان آقای خرچنگ را نجات دهد.